1984年
  10月7日，李政道先生在北京正负电子对撞机奠基典礼上向邓小平同志建议：在中国设立博士后制度的同时设立博士后科学基金，将财政部一次性拨付的博士后专款存入中国国际信托投资公司等金融机构，以每年的存款利息或投资所得收益作为当年博士后科学基金的资助金额，并将此项基金叫做“邓小平博士后科学基金”。对此，小平同志表示：这种做法很好，我赞成，但不要以我的名字命名。  
  1985年
  7月，《国务院批转国家科委、教育部、中国科学院关于试办博士后科研流动站报告的通知》（国发〔1985〕88号）发布实施。文件明确：“设立博士后科学基金，主要用以鼓励和支持博士后研究人员中有科研潜力和杰出才能的年轻优秀人才”。
  1986年
  10月，全国博士后管理委员会召开第四次会议，讨论通过《国家博士后科学基金试行条例》（〔86〕国科发干字0802号）。
  1987年
  3月，全国博士后管理委员会召开第五次会议，讨论通过《博士后经费管理使用暂行规定》（〔87〕国科发干字0270号）。
  3月，经专家评审确定中国博士后科学基金第一批获得者。首批共资助博士后研究人员12名，资助金额11万元人民币和2.15万美元。
  1988年
  5月，全国博士后管理委员会印发《关于改进博士后科学基金评审办法的通知》（〔1988〕博管发字5号），规定从第4批博士后科学基金开始采取同行专家评议取代原来的专家组评审。
  1989年
  为加强博士后科学基金的评审、管理和使用，广开基金来源，便于同国内外各种基金组织进行交流合作，李政道先生建议成立中国博士后科学基金会。经中国人民银行批准，民政部登记注册，1990年5月成立中国博士后科学基金会，邓小平题写了会名，李政道先生题写贺词：“祝贺中国博士后基金会成立，为祖国的科学发展准备人才”。
  1990年
  5月，中国博士后科学基金会第一届理事会成立并召开第一届理事会会议。李政道先生任第一届理事会名誉理事长，沈克琦任理事长。会议通过了《中国博士后科学基金会章程》和《中国博士后科学基金筹资办法》。
  6月，中国博士后科学基金工作从全国博士后管委会划转中国博士后科学基金会。
  1993年
  6月，中国博士后科学基金会第二届理事会第一次会议通过《中国博士后科学基金资助条例》》（中博基〔1993〕9号）并颁布实施。
  11月，为表彰和奖励在科学、教育事业和经济建设中做出突出贡献的博士后研究人员，中国博士后科学基金会与北京格林沃德营养保健品有限公司共同设立“国氏”博士后奖励基金。截止1999年，共开展七批奖励工作，奖励优秀博士后研究人70名员。
  1996年
  11月，中国博士后科学基金会第三届理事会第一次会议讨论通过新的《中国博士后科学基金资助条例》（中博基〔1996〕5号）。
  1999年
  9月，人事部、全国博士后管理委员会颁布《中国优秀博士后奖励规定》（人发〔1999〕107号），决定设立“中国优秀博士后奖”，同时废止“国氏”博士后奖励基金。 
  2002年
  12月，财政部决定以本金利息和国家财政拨款相结合的方式为博士后科学基金提供资助金。
  2006年
  9月，财政部印发《关于进一步推进博士后事业发展增加经费投入的函》（财行〔2006〕263号），决定从2006年起以国家财政拨款作为博士后科学基金资助金。
  9月，经财政部同意，博士后基金资助强度由一等3万、二等2万、三等1万调整为一等5万元，二等3万元，取消3等，并对基础性、原创性和公益性的研究给予适当倾斜。
  9月，经财政部批准，博士后科学基金设立特别资助，对在站期间取得重大自主创新研究成果和在研究能力方面表现突出的博士后进行奖励资助，资助金额10万元。
  国家审计署对博士后基金开展首次审计。审计结果认为：博士后科学基金管理的很好，也引起了社会极大关注，产生了良好的效益……在国家的各项基金中是很少见的。博士后科学基金资金量不算大，但发挥的社会、人才效益却很大。
  2007年
  3月，《中国博士后科学基金面上资助实施办法》（中博基字〔2007〕05号）颁布实施。
  2008年
  1月，中国博士后科学基金会第四届理事会第一次会议审议通过《中国博士后科学基金资助规定》（中博基字〔2008〕1号）并颁布实施。
  中国博士后科学基金开展第一批特别资助工作，共资助500名博士后研究人员。
  2011年
  中国博士后科学基金管理信息系统开通运行，博士后基金申报、评审工作实现信息化。
  2012年
  经财政部同意，博士后基金面上资助由一等5万元、二等3万元提高至一等8万元、二等资助金5万元，特别资助由10万元提高到15万元。
  4月，中国博士后科学基金会首次组织开展为期两年的博士后基金资助绩效评估工作。评估工作依托部级课题“中国博士后科学基金资助项目绩效评估研究”，确定了整体绩效评估和项目绩效评估方式，建立了相应的评估指标体系。评估工作对博士后基金设立以来的工作进行了客观评价，分析了成绩，指出了不足，为《中国博士后科学基金发展“十三五”规划》的制定及博士后绩效评估机制的建立奠定了基础。
  2013年
  财政部加大对中国博士后科学基金的投入力度，2013年基金总额4.3亿元，较2012年增长了0.8亿，当年资助总额相当于“十一五”期间基金经费的总额。
  为宣传、固化博士后研究人员优秀学术成果，中国博士后科学基金会试点开展博士后研究人员优秀学术专著出版资助工作。
  5月，中国博士后科学基金会第五届理事会第三次会议审议通过《中国博士后科学基金面上资助地区倾斜资助实施办法》，决定从2014年开始实施“西部地区博士后人才资助计划”。
  2014年
  6月，中国博士后科学基金会第五届理事会第四次会议通过《中国博士后科学基金特别资助实施办法》（中博基字〔2014〕16号），并颁布实施。
  2015年
  5月，中国博士后科学基金自第57批面上资助开始向申请人反馈专家评审结果。
  10月，为改革博士后基金资助模式，探索开展站前资助，加大吸引优秀博士进站做博士后。中国博士后科学基金会与中国科学院设立联合基金，开展支持“率先行动”联合资助优秀博士后项目。